Die Abteilung Finanz-, betriebswirtschaftliche und Verwaltungsprüfung ist für die Prüfung von Jahresabschlüssen, des Finanzmanagements und der kostenrechnenden Einrichtungen (Gebührenhaushalte) sowie weiterer Leistungsfelder (z. B. Soziales) zuständig. Auch die Prüfung des Jobcenters ME-aktiv gehört zu ihren Aufgaben.